尼尔斯（小山茉美 配音）是个调皮捣蛋的小学生，他不爱学习懒惰认性，喜欢捉弄小动物，爸爸（津嘉山正种 配音）妈妈（池田昌子 配音）对他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼尔斯被妖精施魔法变成了个小人。常被他欺负的动物们都很高兴，它们纷纷对尼尔斯进行报复。他家常被迁徙的雁群嘲笑的鹅莫尔典经过反复练习飞上了天空，尼尔斯和跟他一起变小的卡骆驼（山崎唯 配音），骑着它飞上了天空，跟着大雁群去旅行了。他神奇地能听懂了动物的语言，在湖边他救了被狐狸袭击的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼尔斯遇到了很多危险...