突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“ ”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 初号机迎战使徒。　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来...